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HiPipe: Make NGS bioinformatics analysis quick and easy. HiPipe已上線提供使用,歡迎連結網址http://hipipe.ncgm.sinica.edu.tw/使用。


   「國家基因體醫學研究中心」之前身為「國家基因型鑑定中心」,自民國91年成立至今。中心成立的長程目標為:(一) 打造台灣成為基因體醫學研究及轉譯醫學研究的國際重鎮,進而發展台灣之生技醫療產業;(二) 持續提供高品質、高通量及全方位之基因型鑑定、次世代核酸定序服務;(三)提供高效能、操作簡易、 價格便宜之web介面的次世代核酸定序生物資訊分析服務給國內研究者及生物科技產業。
    目前中心成功建構六個基因體分析技術平台:(1) 短片段重覆基因多型性之基因型鑑定平台,(2) 介質輔助雷射脫附性離子化-飛行時間式質譜儀為基礎之單核苷酸多型性基因型鑑定平台,(3) 以寡核苷酸陣列雜交為基礎的高通量基因型鑑定平台,(4) Roche GS-FLX Titanium次世代核酸定序平台,(5) Illumina HiSeq 2000次世代核酸定序平台,(6) Illumina MiSeq次世代核酸定序平台。以上六個平台的建立,使中心在基因體研究及生物資訊分析服務上,可針對使用者的不同需求、經費之多寡及計劃之規模大小,提供多元化的選擇及彈性服務。本中心於2012年8月14日順利通過全國認證基金會(TAF)認證,取得測試領域之TAF認證證書(證書編號 L2557-120814),TAF為ILAC (the International Laboratory Accreditation Cooperation, 國際實驗室認證聯盟) 相互承認協議之簽屬會員,TAF已獲ILAC授權使用ILAC-MRA MARK;本中心亦獲TAF授權使用此一標記於檢測報告上,代表本中心的檢測能力已達到國際水準,並與全球 64個國家、76認證機構之認可實驗室具有技術同等性。
     中心另設有統計及生物資訊部門,統計組負責核心之服務品管監控,生物資訊部門負責生物資訊系統之建構,資料儲存,傳輸和備份等;生物資訊部門自行開發出實驗室資訊管理系統,樣本追蹤及管理系統、電子問卷系統及生物資訊分析系統,並提供系統之使用及生物資訊分析服務。

服務項目列表:

Service Type
Service Code
Service Item
Technology Platform
Sample Management
C2-17
DNA Extraction from 5 mL Whole Blood  
----
C2-18
DNA Extraction from 10 mL Whole Blood
C2-19
DNA Storage
C2-26
DNA Extraction from Cultured Cell
SNP Genotyping
C2-7
ENU Mouse Gene Mapping Panel
Sequenom MassARRAY
C2-10
iPLEX SNP Genotyping
C2-12
Mouse Speed Congenics Panel (294 markers & 92 markers)
Whole-Genome SNP Genotyping
C2-14
Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0
Affymetrix GeneChip
C2-15
Axiom Genome-Wide ASI Array Plate
Affymetrix GeneTitan
C2-16
Axiom Genome-Wide CHB Array Plate
C2-42
Axiom Genome-Wide TWB Array Plate
STRP Genotyping
C2-4
PCR Product STRP Genotyping
ABI 3730 DNA Analyzer
Next Generation Sequencing
C2-27
Human whole genome sequencing, 30X
illumina HiSeq 2000 / illumina MiSeq
C2-29
DNA sequencing sample preparation
C2-30
Paired-end sequencing, 100x2 bp, per lane
C2-36
mRNA sequencing sample preparation
C2-37
rRNA-Depleted RNA sequencing sample preparation
C2-43.1
MiSeq Sequencing Service (50 cycles)
C2-43.2
MiSeq Sequencing Service (150 cycles)
C2-43.3
MiSeq Sequencing Service (300 cycles)
C2-43.4
MiSeq Sequencing Service (300 cycles, Micro)
C2-43.5
MiSeq Sequencing Service (300 cycles, Nano)
C2-43.6
MiSeq Sequencing Service (500 cycles)
C2-43.7
MiSeq Sequencing Service (500 cycles, Nano)
C2-43.8
MiSeq Sequencing Service (600 cycles)
C2-45
Small RNA sequencing sample preparation
C2-46
Paired-end sequencing, 100x2 bp, 10M Reads
C2-47
Library QC
C2-48
SureSelect Exome Enrichment (Human/Mouse)
C2-50
ChIP sequencing sample preparation
C2-51
DNA library sample preparation by Nextera XT
C2-52.1
MiSeq DNA Library QC (qPCR only)
C2-52.2
MiSeq DNA Library QC (Qubit Fluorometer + Agilent Bioanalyzer HS)
C2-52.3
MiSeq DNA Library QC (Qubit Fluorometer + Agilent Bioanalyzer HS + qPCR)
C2-55.1
RNA QC-Agilent RNA 6000 Nano
C2-55.2
DNA QC-Agilent DNA High Sensitivity
C2-31
GS-FLX DNA Library
Roche GS-FLX Titanium
C2-32
GS-FLX Titanium - 1 PTP  sequencing, 1 M reads
C2-33
GS-FLX Titanium - 1/2 PTP sequencing, 0.5 M reads
C2-34
GS-FLX Titanium - 1/4 PTP  sequencing, 0.2 M reads
C2-35
GS-FLX Titanium - 1/8 PTP sequencing, 0.1 M reads
BioIT Services
C2-20
Samportal使用與諮詢
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C2-21
iQuestion使用與諮詢
C2-22
生物資訊分析、軟體開發與諮詢
C2-23
Samportal系統使用費率
C2-24
iQuestion系統使用費率
C2-25
生物資訊分析、軟體開發與諮詢之系統使用費率
C2-38
NGS全基因體分析
C2-39
NGS Exome分析
C2-40
NGS RNA分析
C2-41
LOH偵測
C2-49.1
NGS運算分析服務
C2-49.2
NGS資料儲存服務
C2-53
生醫資訊系統使用與諮詢
C2-54
生醫資訊系統使用費率
Statistical Analysis
C2-56
Axiom Array全基因體關聯性分析
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Customized Service
C2-44
Customized Service
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