2023/12/08
 
2023/12/21
 

 
ncgm01
 
核心公告 > NGS-新增服務
 

NGS-illumine HiSeq 2000服務

特色

1. 此項定序服務使用的儀器為illumina HiSeq 2000。
2. illumina HiSeq 2000以Reversible terminator-based sequencing by synthesis的方式進行定序。
3. illumina HiSeq 2000定序片段較短，進行Paired-end sequencing時每個Read讀到約100 bp (2´100 bp：forward與reverse各讀100bp)，單次定序輸出量大而能以較低成本提高定序產量與深度。
  ‧ Read length: 100 bp (2´100 bp)
  ‧ Each lane: 30~37.5 GB
  ‧ Each Flow cell: 240~300 Gb, 3 billion reads
  ‧ Each run (Two Flow cell): 480~600 GB, 6 billion reads
  ‧ DNA Sample preparation time: 1~2 week（依樣本數目而異）
  ‧ Run time: 10 days
  ‧ 12 unique Barcodes for multiplexing
  ‧ 生物資訊分析時間依樣本和實驗設計而異


服務項目和價錢

Service Code
Service Item
Service Unite
Academic
Industry
C2-27
Human whole genome sequencing, 30X
per sample
297,034
318,410
C2-28
Human exome sequencing
per sample
106,134
111,834
C2-29
DNA sequencing sample preparation
per sample
33,122
40,247
C2-30
Paired-end sequencing, 100x2 bp, per lane
per lane
97,803
110,783


服務項目說明

C2-27-Human whole genome sequencing, 30X
可藉由比較個體間整個基因體序列的差異，找出與疾病有關的genomic variants

1. 進行Human whole genome sequencing時的每個樣本可有約30X以上的coverage（約90 GB以上）。
2. 若樣本數不足2個，須等其他用戶送樣才進行定序。可先洽詢NCGM-NGS組。
3. Human whole genome sequencing的樣本經過DNA Library製備後，使用HiSeq 2000進行定序。


C2-28-Human exome sequencing
Protein coding genes佔human genome僅約1%，但此區間涵蓋了85%以上與疾病有關的突變。Human exome即是指protein-coding genome。Exome sequencing 適用於研究: (1) rare germline variants for monogenic diseases; (2) rare germline variants for common diseases; (3)somatic mutations in cancer research; (4) disease gene discovery.

1. 一組exome以4~6個樣本為一送樣單位。收費價錢為“一個樣本的單價”乘以“樣本數”，若有五個樣本申請進行此服務，學術界收費為106,134元´ 5個樣本 = 530670元。
2. Human exome sequencing的樣本會經過DNA Library製備後，再進行exome capture的處理，最後使用HiSeq 2000進行定序。Exome capture使用Illumina Trueseq Exome enrichment kit，其target設計有62Mb，包括 coding exon、5’-and 3’ UTR、miRNA、noncoding RNA等。
3. 每組exome樣本（4~6個樣本）可得到約80 GB以上的結果。
4. 若送樣單位（4~6個樣本為一組）不足2組，須等其他用戶送樣才進行定序。可先洽詢NCGM-NGS組。


C2-29-DNA sequencing sample preparation

1. 對要進行HiSeq 2000定序之DNA樣本進行處理，製備成DNA library。樣本可接上unique Barcodes進行multiplexing sequencing（最多12種），用戶可先告知以利於實驗規劃。
2. 只接受Genomic DNA樣本。
3. 搭配選擇使用C2-30-Paired-end sequencing, 100x2 bp, per lane的服務項目進行定序。


C2-30-Paired-end sequencing, 100x2 bp, per lane

1.
 每個Lane可放置1~12個樣本，放置數目因樣本與實驗規劃而異。也可選擇一個樣本放置多個Lane定序。
2.
 每個樣本需先進行C2-29-DNA sequencing sample preparation的處理。
3.
 一個Lane可得到約30~37.5 GB的結果。。
4.
 若樣本數不足以進行一片Flow cell （至少6個Lane），須等其他用戶送樣才進行定序。可先洽詢NCGM-NGS組。


HiSeq 2000的生物資訊分析：

1. 使用illumina公司提供的軟體 CASAVA進行序列的Assembly以及 SNPs and indels的detection。
2. 使用Genepipe進行SNPs and indels的 annotation分析。
3. Genepipe可提供的variant information包括所在基因的相關資料、在不同transcripts上的位置（coding exons、UTR或intron）、是否會造成胺基酸改變以及為何種胺基酸的改變、此改變為nonconserve或conserve、預測是否影響splicing（目前只有人類Genomic樣本提供此項分析服務）。
4.
所有variants在dbSNP, 1000 genome 與 HapMap database裡的資訊。
5.
Detection and annotation of novel SNPs and indels: 去除“common”variants （dbSNP, 1000 genome, and/or HapMap）。
6.
此外，我們也提供客製化人類疾病分析服務包括下面所列，分析時間依實驗設計需求而異，若有此項需求者可先洽詢NCGM-NGS組（此項服務需另外計價）。
  a. 找尋疾病組內共同有的致病突變candidate，而且是對照組內所沒有的突變。
  b. 找尋疾病組內共同有的致病基因candidate (每個individual攜帶的 “uncommon”variants 可能不同)。


NGS-Roche GS-FLX Titanium服務

特色

1. 此項定序服務使用的儀器為Roche GS-FLX Titanium。
2. GS-FLX Titanium以Pyrosequencing的方式進行定序。
3. GS-FLX Titanium定序片段較長，每個Read讀到約300~450 bp，儀器定序時間較短。
  ‧ Read length: 300~450 bp
  ‧ Two Large Region (1 PTP)：300~450 MB，約1 M reads
  ‧ One Large Region (1/2 PTP)：150~225 MB，約0.5 M reads
  ‧ One Medium Region (1/4 PTP)：60~110 MB，約0.2 M reads
  ‧ One small Region (1/8 PTP)：30~55 MB，約0.1 M reads
  ‧ Each run (One PTP)：300~450 MB
  ‧ DNA Sample preparation time: 1 week
  ‧ Run time: 1 days
  ‧ 適用於de novo sequencing。


服務項目和價錢

Service Code
Service Item
Service Unite
Academic
Industry
C2-31
GS-FLX DNA Library
per sample
47,491
57,704
C2-32
GS-FLX Titanium - 1 PTP sequencing, 1 M reads
1 PTP
339,509
379,636
C2-33
GS-FLX Titanium - 1/2 PTP sequencing, 0.5 M reads
1/2 PTP
176,872
216,999
C2-34
GS-FLX Titanium - 1/4 PTP sequencing, 0.2 M reads
1/4 PTP
92,057
112,120
C2-35
GS-FLX Titanium - 1/8 PTP sequencing, 0.1 M reads
1/8 PTP
48,073
58,104


服務項目說明

C2-31-GS-FLX DNA Library

1.
 對要進行GS-FLX Titanium定序之DNA樣本進行處理，製備成DNA library。
2.
 只接受Genomic DNA。
3.
 搭配選擇使用C2-32，C2-33，C2-34，C2-34或C2-35的服務項目進行定序。


C2-32-GS-FLX Titanium - 1 PTP sequencing, 1 M reads

1.
 選擇一片PTP (PicoTiterPlate)，分成2個Large Region進行定序。
2.
 樣本需先進行C2-31-GS-FLX DNA Library的處理。
3.
 一個樣本置於一片PTP可得到300~450 MB的結果, 約有1 M reads。


C2-33-GS-FLX Titanium - 1/2 PTP sequencing, 0.5 M reads

1.
 選擇1/2 PTP (PicoTiterPlate)，以一個Large Region進行定序。
2.
 樣本需先進行C2-31-GS-FLX DNA Library的處理。
3.
 一個樣本置於一個Large Region可得到150~225 MB的結果, 約有0.5 M reads。
4. 若樣本數不足2個，須等其他用戶送樣才進行定序。


C2-34-GS-FLX Titanium - 1/4 PTP sequencing, 0.2 M reads

1.
 選擇1/4 PTP (PicoTiterPlate)，以一個Medium Region進行定序。
2.
 樣本需先進行C2-31-GS-FLX DNA Library的處理。
3.
 一個樣本置於一個Medium Region可得到60~110 MB的結果, 約有0.2 M reads。
4. 若樣本數不足4個，須等其他用戶送樣才進行定序。


C2-35- GS-FLX Titanium - 1/8 PTP sequencing, 0.1 M reads

1.
 選擇1/8 PTP (PicoTiterPlate)，以一個Small Region進行定序。
2.
 樣本需先進行C2-31-GS-FLX DNA Library的處理。
3.
 一個樣本置於一個Small Region可得到30~55 MB的結果, 約有0.1 M reads。
4. 若樣本數不足8個，須等其他用戶送樣才進行定序。


GS-FLX Titanium的生物資訊分析：

1. 使用Roche公司提供的軟體進行分析。
  ‧ GS De Novo Assembler：樣本以GS-FLX Titanium定序後得到的序列進行De Novo分析組合。
  ‧ GS Reference Mapper：將GS-FLX Titanium定序得到的序列進行組合並和已知的reference sequence進行比對，reference sequence由用戶所提供。
2. 此外我們也提供客製化分析服務，若有此項需求者可先洽詢NCGM NGS組（此項服務需另外計價）。

 
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