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| SNP Genotyping by Sequenom > SNP Primer 設計說明 |
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- 本中心之iplex SNP鑑定服務提供1~36-plex實驗形式，36-plex即為在一個well中，同時進行36個SNP的鑑定實驗，是非常經濟且快速的SNP鑑定方式。且建議您將所有欲鑑定的SNP序列收集後，一併上傳至NCGM線上服務系統同時進行Primer的設計，如此組合為36-plex的機率較高，而哪些SNPs可於同一well 內進行鑑定實驗以及單一well內最多可進行多少個SNPs，這些都取決於該批SNPs 的primer 設計結果。
- 本中心SNP組使用美商SEQUENOM公司所提供的primer設計軟體進行SNP primer 設計，無法使用由用戶自行設計之primer，且為維持實驗品質，所有primer統一由NCGM代購。
- 使用本中心LIMS系統之SNP序列檢查功能及Primer Design Test功能，SNP序列格式需符合系統要求。GenePipe的SeqTool功能可協助您快速下載大量且符合格式要求的SNP序列資料。惟SegTool目前使用NCBI dbSNP Build 141版本資料庫（2014年版本），考量近年新增大量MAF非常小的SNP點造成primer設計不易，因此並未持續與NCBI網頁同步更新至最新版本。由於dbSNP版本的關係，SegTool所使用的資料庫可能與其他資料庫或實際實驗結果不一致。下列以rs4149570為例，此SNP於NCBI兩版本資料庫中變異點標示相異，而實驗結果與Build 149版本相符。
NCBI dbSNP Build 141：CATAACTGAA[G/T]CTGTCTGGAT
NCBI dbSNP Build 149：ATCCAGACAG[G/T]TTCAGTTATG
SNP序列資料將影響primer設計結果及實驗結果的正確性，建議您可以以其他實驗結果佐證序列資料，或與其他資料庫進行比對確認。並建議檢查序列是否為高度重覆的序列，以避免鑑定結果產生NoCall 或false positive的錯誤結果。
- SNP
primer 的plex分組結果無法事先預測，需透過primer 設計之後，方能得知精確的分組結果，NCGM的線上服務系統提供primer
design test 服務，具有LIMS 帳號的各用戶可將透過該功能預先進行SNP primer
設計，再查看設計及分組結果是否符合貴單位之需求，並可依設計結果計算實驗鑑定費用（費用計算說明，請參考本網頁”服務項目及收費標準”之說明）。
- 本
中心SNP組使用美商SEQUENOM公司所提供的primer設計軟體進行SNP
primer設計，設計之參數乃依據該平台之需求調整成最佳化，因此若有SNP無法設計成功，則表示該SNP不適用於SEQUENOM
MassARRAY® System 進行鑑定，建議改用其他平台（如sequencing或TaqMAN）或尋找其他合適
的SNP點取代之，而hME設計失敗之SNP建議再以iPLEX重新設計，則有可能可以設計成功。
- 以iPLEX設計之primer因實驗原理之需，導致每一個SNP的primer可用 盤數會依分子量大小而有所不同，因此初次申請實驗，若申請盤數超過4盤，請留意需變更訂購管數。詳細可用盤數表列如下:
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【iPLEX】 |
UEP分 子 量 (M.W.)
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25 nm規格可使用盤數(僅於續訂時提供) |
100 nm規格可使用盤數（首次與續訂皆可） |
使用次數的限制與保存期限 |
小於 5475 |
4~8 |
11~22 |
次數不限/三年 |
大於等於5475但小於6650 |
3~6 |
7~14 |
次數不限/三年 |
大於等於6650但小於7750 |
2~4 |
6~12 |
次數不限/三年 |
大於等於7750 |
1~2 |
4~8 |
次數不限/三年 |
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