2026/10/14
 
2023/12/21
 

 
ncgm01
 
  SNP Genotyping by Sequenom > FAQ
 
服務內容
 
1.
 我想要申請SNP鑑定，該怎麼準備？
回答：首先請至NCGM首頁下載C2-1/C2-10 SNP鑑定使用說明，章節0.前言有概述送樣流程及所需準備的前置事項，至於細節部分則於手冊的其他章節有詳細說明。
 
2.
 貴單位網頁上之訂價是否包含PCR之費用？檢體多寡是否會影響鑑定單價？
回 答：訂價中的鑑定實驗費已包含PCR的費用，但實驗中所需的兩條PCR Primer以及一條實驗鑑定用的extension primer則需另外收Primer費用，詳細的收費方式，請見網站上“SNP Genotyping”=>“服務項目及收費標準”，或詳閱SNP鑑定使用說明中的9.收費標準。我們是以 96孔樣本盤為收費單位，每一孔中的檢體量多寡並不會直接影響鑑定單價，但若您將以相同的檢體重複進行許多的SNP鑑定實驗，我們建議您將所需的檢體一次 送至NCGM進行QC，除了可以免除您多次送樣的舟車勞頓，更能為您節省樣本QC的費用。
 
3.
 收費項目中的「樣本QC費」是否每次進行實驗都需付費？
回答：樣本QC費是一次性費用，每一盤相同的樣本只會進行一次樣本QC。您的樣本通過QC後，NCGM將會妥善保存您剩餘的樣本，您可多次申請SNP鑑定實驗，無須再重複QC測試，但為確保樣本品質，樣本存放的期限為一年，最多可重覆進行四次SNP鑑定實驗。
 
4.
 超過一年或一年內申請超過4次的樣本，是否要再次QC後就可進行實驗？
回 答：由於存放超過一年或使用超過4次(解凍次數)，對於樣本的品質會有一定影響，因此NCGM無法以剛收到樣本時的QC結 果，作為過期樣本的實驗結果保證（樣本品質可能變差了）。對過期之樣本，NCGM建議再進行QC實驗確認樣本品，但NCGM不強制用戶一定需要進行QC， 才可進行後續實驗。但對過期樣本，若無進行QC實驗，而整體實驗結果成功率不佳之實驗（非單一SNP成功率偏低之現象），經NCGM確認無人為疏失，將不 再重復確認實驗。
 
5.
 收費標準中分有「uniplex」至「36-plex」的實驗形式，這是什麼意思？
回 答：本中心採用的Sequenom MassARRAY鑑定系統可在同一個well裡針對該樣本同時進行多個SNP鑑定，我們稱為「multiplex」。「uniplex」是每個well 鑑定一個SNP，「36-plex」則是每個well鑑定36個SNPs，multiplex鑑定方式較uniplex快速且經濟。
 
6.
 Uniplex 與Multiplex成功率之差別？
回 答：實驗成功率主要取決於gDNA之品質、SNP flanking sequence、sequence  secondary structure、是否為GC rich sequence、lack  of specificity、formation of primer dimmer等多種因素，就理論上， low plex數的鑑定實驗同一well中會有較低的primer interaction干擾的可能性發生，而high plex數的鑑定實驗，此現象的發生機率可能相對較高，但實驗成功率與plex數高低並 沒有一定的正相關關係，成功率還是由實際的實驗結果來決定，不過基本上Uniplex平均成功率高於Multiplex。
 
7.
 如採用Multiplex，最多可以做幾個plex的鑑定？
回 答：目前iPlex 最多36 plex，hME最多4 plex，且不同次設計之primer無法於同一well內進行鑑定實驗。建議您將所有欲鑑定的SNP序列收集後，一併上傳至NCGM線上服務系統同時進 行Primer的設計，如此組合為4或36 plex的機率較高。
 
8.
 請問用戶從檢體送樣至鑑定結果需要多少工作天？如需要快速鑑定,最快能在幾個工作天拿到鑑定報告？
回 答：基本上實驗所需時間與用戶的送樣盤數及鑑定的SNP數目有關，以申請QC_SNP的案例來說，樣本QC的時間約需1週，若QC結果成功率高於95%， 會將該次送樣直接排入實驗排程，進入排程後一般需1~2週完成實驗。若樣本QC結果成功率低於95%，則會等用戶回應以後再行處理，且SNP組每週一、三 各處理一次排程，實驗排程之快慢須視當時SNP組的業務排程量定，SNP組的處理原則是先申請之用戶先處理其排程，但會視服務申請量調整排程處理。
 
9.
 除了樣品ID外，用戶還需要提供哪些關於DNA檢體之資訊 (i.e. 家族史,病歷…等)？
回答：如樣本為家族，可提供親屬關係表供NCGM分析是否符合孟德爾定律。
 
10.
 請問primer的存放時間為多久？丟棄前多久會通知？
回答：hME Primer的存放期限為到貨後，起算一年；iPlex primer 的存放期限為到貨後，起算二年，在primer過期之前的一個月，NCGM將會寄信通知用戶。
 
 
 
1.
NCGM所採用的Sequenom MassArray SNP鑑定系統的優點和特性是什麼？
回答：Sequenom MassArray System具有3大優點：
(1)高精確度：利用質譜儀的高再現性及高精確度來偵測基因型，再現性可達99%以上。
(2)高速率：multiplex技術提高檢體處理量，配合全套支援軟體，高速自動化資料處理以及自動化機器手臂的應用，每日產量可達7,500個SNP 鑑定反應（8小時）。
(3)高彈性低成本：可快速針對用戶需要的SNP設計實驗並進行鑑定，就算只是一個SNP也可以！對這樣小型的SNP鑑定實驗來說，此系統使用之試劑用量 少，不必利用螢光等特殊標示，且採用multiplex降低成本。
 
2.
 貴單位使用何種軟體設計Primer?用戶可否自行設計（訂購）PCR Primer？
回答：NCGM SNP鑑定的Primer設計需使用「Sequenom」鑑定平台所附的原廠套裝軟體SpectroDesigner；用戶不能自行設計（訂購）PCR primer。
 
3.
 可否拿回已過期的primer？
回 答：由於進行SNP鑑定所需的3條primer（一對PCR primer 及一條Extension primer ）除供SEQUENOM 平台進行SNP鑑定之外，並無其他可利用之處，PCR primer 所產生的產物約為80~120 bp也無法進行定序之用，故NCGM將不提供過期primer的索取服務。
 
4.
 請問每次鑑定需要多少量的DNA，Uniplex與Multiplex之使用量是否相同？
回 答：gDNA的體積依偵測的SNP數而定，若只偵測一個SNP，至少需要69 μl (濃度 2.5 ng/μl, for hME SNP Genotyping)或83μl (濃度2.5 ng/μl ,for iPlex SNP Genotyping)，每增加一組plex體積增加3 μl ( hME SNP Genotyping)或5 μl (iPlex SNP Genotyping)。Uniplex實驗用量與Multiplex相同，例如：每一樣本進行1個uniplex的hME  SNP Genotyping與1個4 plex的hME SNP Genotyping的用量同為3 μl。詳細的算法請參閱使用說明中的4.1 SNP鑑定樣本體積及濃度 需求。
 
5.
 除了在每個96盤中放置1個positive control和1個negative control，貴單位是否有其他Quality  Control及Quality Assurance之機制？
回答：NCGM每個月均進行內部品管稽核，固定測試NCGM的實驗成功率以及再現率，過去一年來分別平均達98%及99%以上。其他還有用戶樣本的QC，詳情請參閱使用說明8 樣本及實驗品管。
 
6.
 請問貴單位是否能在實驗設計及結果分析統計上給予協助?
回答：本中心目前尚未提供此項服務，但此方向為本中心努力之目標。
 
 
 
1.
 用戶可否送PCR product接受鑑定？
  回答：NCGM為整批進行實驗，將無法處理PCR product，故不接受PCR product申請鑑定。
 
2.
 用戶可否送血液樣品？
回答：目前NCGM不接受血液樣本。
 
3.
 送樣之gDNA濃度有無上下限？
回 答：NCGM建議送樣之樣本濃度為2.5 ng/μl(不可小於2.5 ng/μl)，但有時儀器偵測靈敏度限制的問 題，稀釋後的樣本，可能無法精確測得2.5 ng/μl，NCGM建議以保守方式稀釋，以測得之濃度稀釋至3 ng/μ l，使得樣本濃度至少要高於2.5 ng/μl，以免樣本濃度不足而影響實驗結果。
 
4.
 貴單位是否有建議之DNA萃取試劑組？
回答：根據SEQUENOM平台使用手冊，建議使用由Gentra生產的PUREGENER DNA Purification Kit。
 
5.
 請問貴單位是否接受人體以外之DNA檢體？
回答：目前接受人體及老鼠的DNA檢體。
 
6.
 DNA在鑑定之前是否會有先期評估DNA之品質？
回答：是的，所有的樣本在進行SNP鑑定前，均需經過樣本QC以評估DNA品質，相關規定請參閱使用說明7 樣本及實驗品管。
 
7.
 是否所有樣本都需進行樣本QC實驗？
回 答：若是新用戶，因為不熟悉樣本製備流程，NCGM建議新用戶將欲鑑定之樣本申請QC實驗，用以確認樣本品質合乎Sequenom平台鑑定需求。但若是已 送樣多次之用戶對於自己樣本的品質有一定的信心與了解，則可以取消QC實驗或只申請部分樣本之QC，但NCGM對於取消QC之樣本，NCGM將無法保證其 實驗結果之平均成功率。
 
8.
 送樣之盤子及封膜有無建議廠牌？可否由國家基因體醫學研究中心代訂？
回答：因本中心使用自動分注儀進行樣本和試劑分注，樣本必須盛裝於說明中載明的廠牌及型號，封膜則建議使用3M封膜。本中心並不提供代訂服務。
 
9.
 NCGM不定期清理樣本，但丟棄前會通知用戶嗎？
回答：NCGM於丟棄樣本前，將會以信件或電話詢問用戶該批樣本是否取回或由NCGM丟棄，經用戶確認後才會執行寄回或丟棄動作。因NCGM的冰箱空間有限， NCGM將不定期處理存放超過1.5~2年的樣本。
 
 
實驗結果
 
1.
 實驗結果以何種檔案儲存？
回答：CSV檔，您可使用EXCEL開啟此檔進行分析，但當raw data資料比數超過65536筆時，僅能以記事本程式方能開啟 (改附檔名為*.txt)。
 
2.
 如何讀取報告（每個欄位所代表之意義）？
回答：請參閱SNP鑑定使用說明9 實驗結果。
 
3.
 實驗鑑定完成後，貴單位將如何處置剩餘之DNA檢體？
回答：為保障用戶權益及釐清問題發生，NCGM將會保存以ABgene盤子盛裝剩餘的樣本備查， 因此NCGM不退還以ABgene盛裝的樣本，若樣本取得不易，請用戶精算所需送樣之體積。如用NSSC tube盛裝的樣本，NCGM可應用戶需求退還所剩樣本。
 
4.
 若Data不相符時，貴中心如何處置？
回答：NCGM將會檢查是否為NCGM人為疏失，若無法排除有NCGM人員疏失的可能性，則將會再重複該實驗一次，並檢查data peak 是否有問題。
 
5.
 如對鑑定結果有疑問時，該與何人聯絡？
回答：每個NCGM Project都有一位Project Manager為您服務，請直接與您的Project Manager連絡。
 
6.
 鑑定之結果是否會保密？
回 答：是的，在沒有獲得用戶同意即授權前，NCGM不會將任何的鑑定結果公開。但為避免重複無意義的SNP鑑定，節省研究資源，NCGM會追蹤並統計non -polymorphic SNP的資料，若NCGM用戶設計primer時發現該SNP在NCGM資料庫裡為non-polymorphic，將會提醒用戶以供參考。
 
7.
 請問實驗結果下載通知信會寄給誰？收到此信的人皆有權限可下載實驗結果嗎？
回答：當實驗完成後，NCGM將會email實驗結果通知該計畫的計劃主持人、子計劃主持人、主要聯絡人及實驗申請人，僅限收到實驗結果下載通知者，方有下載實驗結果的權限。
 
8.
 請問樣本QC實驗結果下載將會通知誰？
回答：QC結果下載僅通知該Project的主要聯絡人，並僅開放該主要聯絡人下載。
 
9.
 請問收到實驗結果後必須特別注意什麼嗎？
回答：(1).請核對SAMPLE_ID與WELL_POSITION是否確實無誤，如有錯誤或缺漏，請聯繫Project Manager。
(2).刪除成功率低的assays，因沒call出genotype的assays可能是特殊情況之alleles，若已選做uniplex，但實驗成 功率依舊偏低，則此assay不適用於NCGM的鑑定平台，建議放棄此assay。
(3).放棄HWE proportion不符的assay，或由另一技術平台判斷genotyping data是否正確。
(4).經由Sequenom MassArray的資料分析軟體call cluster功能，可粗略評估各SNP assay 是否有誤判現象，若報告上建議此assay為有誤判現象 ，建議放棄此assay。
(5).若發現有意義的SNP assay後，NCGM提供分析電腦可供用戶查看原始MASS圖譜及Call  Cluster Graph，以供用戶進一步判讀raw data。
(6).若發現有意義的SNP assay後，強烈建議再用其他實驗技術，如sequencing方法再驗證一次。
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