2023/12/08
 
2023/12/21
 

 
ncgm01
 
  SNP Genotyping by Sequenom > 樣本送樣需知
 
  • DNA萃取方式
    由 於DNA品質影響實驗成功率甚鉅，依據Sequenom平台的使用手冊，NCGM建議用戶使用Gentra Systems的 「Puregene® DNA Purification Kits」進行DNA的萃取，並以純水稀釋樣本(請勿使用含有EDTA的溶液稀釋樣本)。樣本的OD值 (A260/280)應介於1.7 ~2.0，為確認樣本品質，建議用戶以凝膠電泳確認粹取後的DNA品質。

  • 樣本濃度及體積需求
    樣本濃度=2.5 ng/μL(請以純水稀釋)。
    體積需求：精確的送樣體積計算，須以primer設計後的分組組數來計算，以ABgene plate盛裝樣本進行iPlex鑑定，則體積需求 計算公式= 29+5μl*N組assay 。最小送樣體積為63μL（可進行樣本QC及2組assay），最大送樣體積為130μL。一般而言送樣130μL ( 0.325 μg ) 的樣本，以iplex 設計primer約可滿足 200~300 SNPs鑑定的體積需求。建議在第一次進行SNP鑑定時，便將之後所需的樣本量一次送齊，一年內可直接進行其他SNP鑑定，不需再另外補送樣本，節省樣本 QC的費用。其他詳細的計算規則請參考使用手冊第二章.SNP鑑定服務樣本條件。
  • 樣本盛裝方式：
    為符合NCGM的液體分注儀，請使用ABgene 96 well plate（產品型號AB1058，可洽代理商艾詥）。樣本體積最多為130μL。
    請將每盤的H11及H12兩個well空出作為NCGM positive control及negative control使用，請勿加水。
    請使用封片膜將well封好，避免蒸發或運送過程不慎打翻溢出造成相互污染（建議使用3M seal黏性較佳且抗凍，可洽廠商紫外光），並於樣本盤之側邊標示樣本盤之盤名，此盤名需與申請送樣時所上傳之sample sheet檔案中的盤號相同，以利NCGM簽收樣本時確認該樣本。

使用鈍端物體(如擦手紙 或eppendorf tube前端)。

將well 邊緣確實壓緊如紅框處，避免樣本外漏。

將密封完成的樣本盤，放入冰箱，待冷凍後寄送。

  • 樣本運送方式
    如果為長途運送建議冷凍保存，以免運送過程中打翻導致樣本交叉汙染。若以宅配寄送，寄送地址請寫台北市南港區研究院路二段128號中研院生物醫學科學研究 所 N520室SNP組收。

  • 樣本存放規定
    由於低樣本濃度 (2.5ng/ul) 及以水稀釋(不含EDTA)的樣本不利長期保存，且進行實驗時，將可能多次解凍／冰凍樣本，送樣時，請評估未來所需的樣本量，勿寄送過量存放至NCGM，以免珍貴的樣本於此條件下，因長期存放而品質降解，NCGM將無法保證長期存放的樣本品質。若您欲存放大量的樣本於NCGM，進行多次的SNP基因型鑑定實驗，將在樣本盤送達NCGM時進行一次樣本QC，並建議您於1年內最多分4次（4份送樣表單）來完成實驗，以確保您的樣本品質。

    由於送樣條件下之樣本不易長期保存且實驗後剩餘量不多，因此剩餘樣本將不退還給用戶，若樣本取得不易，請精算實驗所需體積，勿送過多樣本。
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