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  SNP Genotyping by Sequenom > 技術平台原理


SNP 鑑定平台

本 中心之SNP鑑定服務係採用美商SEQUENOM MassARRAY® System ,其核心技術 -MassARRAY® iPLEX Gold-為現今最精確、再現性最高的SNP分析技術之一,且此平台可供用戶選擇較彈性的樣本數及任意數目的SNPs申請鑑定實驗。MassARRAY平 台使用iPLEX Pro試劑組,可於單一試管中同時進行36 SNPs鑑定實驗,並配合全套自動化的assaydesign軟體、液體分注工作站、以及MALDI-TOF質譜分析技術進行最終的即時基因型判讀,整個 實驗自第一步驟-primer設計-到完成整個基因型的鑑定,均為標準一貫化的作業流程,使本中心能提供節省樣本、快速大量、品質穩定的SNP鑑定服務。
 
技術平台及原理

 

【iPLEX SNP Genotyping】

iplex

 

 

SNP 基因型鑑定實驗流程

 
SEQUENOM 鑑定技術平台特點

 

1. MassEXTEND基因型鑑定Assay:
 
  • 製成allele specific的診斷產物(diagnostic product),以快速並準確之primer extension反應,延長至polymorphic site並產生絕對清晰之結果。
  • 使用超微量(5ul)增幅(amplification)反應。
  • 使用極少量檢體(10 ng genomic DNA),即可進行增幅反應。
  • Multiplexed assay相容性。可在單一反應作多進行36 SNPs鑑定並減少成本。
  • 使用引子(primer)不需使用任何labels(螢光、化學發光或同位素放射線)。
  • 利用單一之extension primer來診斷SNP的genotype,防止錯誤genotype call的發生。
  • 即使在無預期狀況下,亦可偵測出tri-allelic SNP。
  • 所有反應皆使用標準去鹽分引子 ( primers)。
  • 使用高產量384 microplate之反應分析形式。
  • 可進行量化分析(quantitative analysis)並具sample pooling相容性,可快速決定人口族群中對偶基因的頻率(allele frequency)。
  • 相容於任何檢體或SNP site的組合。
  • 獨家 三階段嚴謹之操作。使用單一高忠誠度之酵素,進行PCR target region amplification, extend primer binding及extension through the polymorphic site。
  • 使用 non-hybridization based SNP interrogation方法,可避免因無法區分 hybridization mismatch及allele specific amplification所造成的假genotype call。
  • 可進行量化分析(quantitative analysis)並具sample pooling相容性,可快速決定人口族群中對偶基因的頻率(allele frequency)。

2. MassARRAY操作平台:

  • 高產量自動化基因型鑑定,每日(8小時)產能最多可達45,000 genotype/per sample* per SNP,大量使用自動化流程提
    高鑑定產量及實驗結果的準確度。產能極大,可於2.5小時內進行3,840個multiplexed基因型鑑定反應(10×384 Spectro CHIPs) ,且為全自動化,不需看守。
  • 整合式SpectroDESIGNER軟體,可快速設計新assay,數量達每日10,000個以上;且設計功能完整,可支援引子設計,
    cocktail mixes (allele frequency) 及自動化oligonucleotide ordering。
  • 使用MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption andIonization – Time of Flight)質譜分析法,進行extension product及基因型鑑定 的判讀,其解析度高達2 Dalton。
  • Genotypecalling軟體為全自動化 ,使用人工智慧確保基因型鑑定之準確性。