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  STRP Genotyping > 樣本送樣需知
 

【C2-4 PCR Product STRP Genotyping】


實驗注意事項:

1. Primer設計:
  a. Forward primer:須有螢光標記(可請您的Primer合成廠商直接代為處理),本中心所使用Dye set為DS-33,可使用的螢光有FAM(藍色)、VIC(綠色)、NED(黃色)、PET(紅色)。
  b. Reverse primer:建議加上Poly A tail 可增進判讀的準確性及可靠性。
   
2. 每個樣本盤需保留2個空格在H11和H12的位置,因此每個樣本盤只放置94個樣本。此2個位置由STRP組加入Positive Control時使用,請勿加入任何液體或試劑。
   
3. STRP PCR Product樣本盤製備方式 :
  a. 建議可將PCR Product進行Pooling的動作,Pooling的原則如下:
* 相同片段大小的PCR Product,所標定的螢光不同,可以Pool在同一個Well。
* 標定相同螢光的PCR Product,其片段大小不同,亦可以Pool在同一個Well。
  b. 製作Loading sample:PCR Product用水稀釋10~20倍來配製成Loading samples,稀釋倍數會因樣本而異。
  c. 準備Hi-Di Formamide與Size standard的混合溶液建議比例如下表:
   
每個樣本盤可任選一種Size standard
混合比例
Hi-Di Formamide:Size standard (LIZ 500)
120:1
Hi-Di Formamide:Size standard (LIZ 600)
90:1
  d. 在 欲放置樣本的96孔盤中之94個Well(H11和H12除外),各加入10 ul已配置好的Hi-Di Formamide與Size standard混合溶液。用來盛裝樣本的96孔盤為MicroAmp 96 Well Reaction Plate或Thermo-Fast 96 Detection Plate。
  e. 準備樣本盤:取1 ul已稀釋好的Loading samples,加入已放置10 ul Hi-Di Formamide與Size standard混合溶液的well中,每個well總體積為11 ul。
  f. 未添加樣本的well也要加入11 ul Hi-Di Formamide與Size standard的混合溶液(H11和H12除外)。
   
4. 樣本盤製備完成後確認每個Well中沒有RNA、Protein、Salt、EDTA和其他異物(如雜質、顆粒和毛屑)。
   
5. 樣本盤的盛裝由用戶自行安排,若有分不同梯次的送樣,建議用戶每盤皆放置Control,作為不同批次結果比較的依據。
   
6. NCGM所提供的結果為Raw data,不包含結果分析。用戶需親自至本中心使用GeneMapper v3.0軟體進行分析,首次使用軟體的用戶,本中心會提供教學服務,請用戶需要教學時先預約時間。

 

相關試劑:

產品名稱
廠牌
型號
Hi-Di formamide
Applied Biosystems (Life)
4311320
GeneScan-500 LIZ (Size Standard)
Applied Biosystems (Life)
4322682
GeneScan-600 LIZ (Size Standard)
Applied Biosystems (Life)
4366589

 

相關耗材:

產品名稱
廠牌
型號
MicroAmp 96 Well Reaction Plate
Applied Biosystems (Life)
N8010560

 

送樣須知:

1. 下載並填寫「PCR Product STRP Genotyping樣本簽收單」。
   
2. 每個well內樣本之體積為11 ul。
   
3. 每個樣本盤需保留2個空格於H11和H12的位置,且請勿加入任何液體或試劑。因此每個樣本盤只放置94個樣本
   
4. 樣本盤規定:
  a. MicroAmp 96 Well Reaction Plate,廠牌ABI PRISM,型號N8010560。
  b. Thermo-Fast 96 Detection Plate,廠牌Thermo,型號SP-0446(AB 1100)。
   
5. 樣本盤上均清楚標明申請服務時由系統命名的申請編號(case number)及盤號,如:0028-STRPP-8-01。
   
6. 每個Well中沒有RNA、Protein、Salt、EDTA和其他異物(如雜質、顆粒和毛屑)
   
7. 確認所使用的Size Standard。未放置樣本的Well也要放置11 ul Hi-Di Formamide與Size standard混合溶液(H11和H12不放置)。
   
8. 樣本盤建議以"3M鋁箔封膜"確實密封盤面。
   
9. 若長途運送,建議避光及冷凍保存。
   
10. 運送過程應確定實驗樣本盤是否盤面朝上放置及固定於運送盒內,並連同「PCR Product STRP Genotyping樣本簽收單」寄給NCGM STRP組;並標明收件人為STRP組。
   
11. 不符合送樣條件者會予以退件。情況輕微者可簽署續作同意,但是對於其實驗結果不理想會由用戶自行承擔後果,NCGM對於實驗結果不負實驗流程失誤以外的任何責任。